Ngày 2 tháng 5 năm 1973, chính quyền Việt Nam Cộng hòa thành lập xã Thổ Châu thuộc quận Kiên Thành, tỉnh Kiên Giang trên cơ sở đảo Thổ Châu (Thổ Chu) và các đảo lân cận.[5]

Năm 1974, xã Thổ Châu sáp nhập vào quận Phú Quốc.[5]

Sau ngày miền Nam giải phóng, xã Thổ Châu bị giải thể và sáp nhập vào xã An Thới thuộc huyện Phú Quốc.

Ngày 24 tháng 4 năm 1993, xã Thổ Châu được tái lập, trực thuộc huyện Phú Quốc.

Ngày 9 tháng 12 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 1109/NQ-UBTVQH14 về việc thành lập thành phố Phú Quốc trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của huyện Phú Quốc[6], xã Thổ Châu thuộc thành phố Phú Quốc như hiện nay.